MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium perfringens SM101 plasmid pSM101A

Total Repeats: 356

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008263	AAG	2	6	102	107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008263	CA	3	6	313	318	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008263	GGA	2	6	399	404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008263	GAT	2	6	476	481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008263	TAA	2	6	484	489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008263	A	7	7	507	513	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008263	ATA	2	6	594	599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008263	GAT	2	6	671	676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008263	A	7	7	705	711	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008263	GCT	2	6	727	732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008263	TAA	2	6	886	891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008263	ATA	2	6	918	923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008263	GCT	2	6	931	936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008263	TA	3	6	947	952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008263	TAAAA	2	10	957	966	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008263	ATTT	2	8	994	1001	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008263	TTTAA	2	10	1019	1028	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008263	AATT	2	8	1106	1113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008263	AGA	2	6	1129	1134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008263	TATT	2	8	1145	1152	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008263	A	6	6	1181	1186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008263	T	7	7	1200	1206	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008263	ATTA	2	8	1209	1216	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008263	TA	3	6	1247	1252	50 %	50 %	0 %	0 %	110804002
25	NC_008263	AGA	2	6	1314	1319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804002
26	NC_008263	AGAA	2	8	1358	1365	75 %	0 %	25 %	0 %	110804002
27	NC_008263	AAAG	2	8	1368	1375	75 %	0 %	25 %	0 %	110804002
28	NC_008263	A	6	6	1490	1495	100 %	0 %	0 %	0 %	110804002
29	NC_008263	ATA	2	6	1567	1572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
30	NC_008263	TAA	2	6	1593	1598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
31	NC_008263	ATA	3	9	1618	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
32	NC_008263	A	7	7	1666	1672	100 %	0 %	0 %	0 %	110804002
33	NC_008263	TTA	2	6	1681	1686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008263	TA	3	6	1695	1700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008263	AGT	2	6	1707	1712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008263	ATA	2	6	1717	1722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008263	TAT	2	6	1727	1732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008263	AAT	2	6	1734	1739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008263	T	8	8	1778	1785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008263	TAA	2	6	1805	1810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008263	A	6	6	1826	1831	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008263	TAT	2	6	1850	1855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008263	TAAT	2	8	1876	1883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008263	AAG	2	6	1948	1953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008263	GA	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008263	TA	3	6	1994	1999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008263	A	7	7	2052	2058	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008263	TAG	2	6	2064	2069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804008
49	NC_008263	TAGA	2	8	2103	2110	50 %	25 %	25 %	0 %	110804008
50	NC_008263	AT	4	8	2151	2158	50 %	50 %	0 %	0 %	110804008
51	NC_008263	AGA	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
52	NC_008263	AG	3	6	2189	2194	50 %	0 %	50 %	0 %	110804008
53	NC_008263	GAT	2	6	2206	2211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804008
54	NC_008263	AAG	2	6	2223	2228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
55	NC_008263	AAG	2	6	2266	2271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
56	NC_008263	TAGA	2	8	2295	2302	50 %	25 %	25 %	0 %	110804008
57	NC_008263	ATA	2	6	2373	2378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
58	NC_008263	TTA	2	6	2384	2389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804008
59	NC_008263	TAA	2	6	2427	2432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
60	NC_008263	AAG	2	6	2445	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
61	NC_008263	GGA	2	6	2483	2488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804008
62	NC_008263	AAG	2	6	2538	2543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
63	NC_008263	AAAC	2	8	2567	2574	75 %	0 %	0 %	25 %	110804008
64	NC_008263	TA	3	6	2595	2600	50 %	50 %	0 %	0 %	110804008
65	NC_008263	AAT	2	6	2628	2633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
66	NC_008263	A	6	6	2645	2650	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008263	A	6	6	2657	2662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008263	T	6	6	2674	2679	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008263	TCT	2	6	2684	2689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008263	TTA	2	6	2711	2716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
71	NC_008263	TA	3	6	2726	2731	50 %	50 %	0 %	0 %	110804005
72	NC_008263	ATT	2	6	2792	2797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
73	NC_008263	T	6	6	2829	2834	0 %	100 %	0 %	0 %	110804005
74	NC_008263	ATTA	2	8	2897	2904	50 %	50 %	0 %	0 %	110804005
75	NC_008263	TTA	2	6	3081	3086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
76	NC_008263	TAT	2	6	3145	3150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
77	NC_008263	TAT	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
78	NC_008263	TTTA	2	8	3209	3216	25 %	75 %	0 %	0 %	110804005
79	NC_008263	AAAC	2	8	3306	3313	75 %	0 %	0 %	25 %	110804005
80	NC_008263	CTG	2	6	3325	3330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804005
81	NC_008263	ATT	2	6	3333	3338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
82	NC_008263	TTTA	2	8	3341	3348	25 %	75 %	0 %	0 %	110804005
83	NC_008263	T	6	6	3384	3389	0 %	100 %	0 %	0 %	110804005
84	NC_008263	CTA	2	6	3415	3420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804005
85	NC_008263	T	6	6	3423	3428	0 %	100 %	0 %	0 %	110804005
86	NC_008263	TCC	2	6	3446	3451	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804005
87	NC_008263	AAAT	3	12	3523	3534	75 %	25 %	0 %	0 %	110804005
88	NC_008263	ATT	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
89	NC_008263	ATT	2	6	3623	3628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
90	NC_008263	AGT	2	6	3674	3679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804005
91	NC_008263	A	6	6	3711	3716	100 %	0 %	0 %	0 %	110804005
92	NC_008263	ACC	2	6	3722	3727	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804005
93	NC_008263	TTCCT	2	10	3753	3762	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_008263	TTTA	2	8	3772	3779	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008263	TA	3	6	3788	3793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008263	TTTTG	2	10	3812	3821	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008263	ATAAAA	2	12	3827	3838	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008263	GAACG	2	10	3885	3894	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_008263	T	7	7	3900	3906	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008263	A	6	6	3952	3957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008263	GAG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008263	AAG	2	6	4041	4046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804004
103	NC_008263	AT	3	6	4053	4058	50 %	50 %	0 %	0 %	110804004
104	NC_008263	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804004
105	NC_008263	A	6	6	4094	4099	100 %	0 %	0 %	0 %	110804004
106	NC_008263	ATGA	2	8	4118	4125	50 %	25 %	25 %	0 %	110804004
107	NC_008263	A	6	6	4180	4185	100 %	0 %	0 %	0 %	110804004
108	NC_008263	A	7	7	4228	4234	100 %	0 %	0 %	0 %	110804004
109	NC_008263	TA	3	6	4235	4240	50 %	50 %	0 %	0 %	110804004
110	NC_008263	TAAA	2	8	4254	4261	75 %	25 %	0 %	0 %	110804004
111	NC_008263	TAA	2	6	4288	4293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804004
112	NC_008263	T	6	6	4331	4336	0 %	100 %	0 %	0 %	110804004
113	NC_008263	AT	3	6	4368	4373	50 %	50 %	0 %	0 %	110804004
114	NC_008263	AGAA	2	8	4408	4415	75 %	0 %	25 %	0 %	110804004
115	NC_008263	AT	3	6	4436	4441	50 %	50 %	0 %	0 %	110804004
116	NC_008263	A	6	6	4519	4524	100 %	0 %	0 %	0 %	110804004
117	NC_008263	GAT	2	6	4541	4546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804004
118	NC_008263	TTAG	2	8	4550	4557	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008263	AGG	2	6	4588	4593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008263	TTA	2	6	4663	4668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804000
121	NC_008263	AGA	2	6	4698	4703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804000
122	NC_008263	TAT	2	6	4716	4721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804000
123	NC_008263	GTT	2	6	4737	4742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804000
124	NC_008263	A	6	6	4752	4757	100 %	0 %	0 %	0 %	110804000
125	NC_008263	AGA	2	6	4764	4769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804000
126	NC_008263	A	6	6	4773	4778	100 %	0 %	0 %	0 %	110804000
127	NC_008263	TAAAT	2	10	4779	4788	60 %	40 %	0 %	0 %	110804000
128	NC_008263	A	6	6	4801	4806	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008263	A	7	7	4813	4819	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008263	T	7	7	4825	4831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008263	A	6	6	4853	4858	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008263	TA	3	6	4869	4874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008263	TAAAAA	2	12	4901	4912	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110804003
134	NC_008263	GAA	2	6	5057	5062	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
135	NC_008263	CAA	2	6	5174	5179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
136	NC_008263	TAT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
137	NC_008263	ATG	2	6	5240	5245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
138	NC_008263	AG	3	6	5281	5286	50 %	0 %	50 %	0 %	110804003
139	NC_008263	CAA	2	6	5291	5296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
140	NC_008263	TGG	2	6	5400	5405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
141	NC_008263	AGG	2	6	5430	5435	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804003
142	NC_008263	AGG	2	6	5445	5450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804003
143	NC_008263	TAA	2	6	5463	5468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
144	NC_008263	GTT	2	6	5476	5481	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804003
145	NC_008263	GTAA	2	8	5536	5543	50 %	25 %	25 %	0 %	110804003
146	NC_008263	GATAA	2	10	5548	5557	60 %	20 %	20 %	0 %	110804003
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163	NC_008263	TTTGGG	2	12	6427	6438	0 %	50 %	50 %	0 %	110804003
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279	NC_008263	TA	3	6	10158	10163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_008263	AAG	2	6	10173	10178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
281	NC_008263	AAG	2	6	10185	10190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
282	NC_008263	TAT	2	6	10191	10196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_008263	TAC	2	6	10235	10240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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286	NC_008263	AGA	2	6	10304	10309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_008263	ATA	2	6	10387	10392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_008263	AAGAAA	2	12	10395	10406	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
291	NC_008263	TAA	2	6	10472	10477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_008263	AGA	2	6	10517	10522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
293	NC_008263	AT	3	6	10550	10555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_008263	ATA	2	6	10572	10577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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296	NC_008263	TAA	2	6	10704	10709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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330	NC_008263	TA	3	6	11659	11664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_008263	ATT	2	6	11708	11713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_008263	A	6	6	12138	12143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.